În regim de detenţie a avut loc minunea prin care părintele a reuşit să "iasă" prin zidurile temniţei, pentru a fi prezent la înmormântarea mamei sale. I se dau trei ore liber, timp în care pur şi simplu dispare, gardienii dând alarma. La exact trei ore revine şi, chestionat fiind de cei care îl păzeau răspunde că a fost la înmormântarea mamei sale. Gardienii au sunat acolo şi li s-a confirmat prezenţa la înmormântarea mamei. Care avusese loc la Vaţa de Sus, la câteva sute de kilometri de locul unde părintele era închis.
Se mai spune, pe baza mărturiilor supravieţuitorilor temniţelor comuniste, că uşa celulei sale se deschidea în fiecare noapte, astfel că un gardian trebuiea să stea permanent în faţa ei. Se spune că dispărea pur şi simplu, întorcându-se spre dimineaţă.
Preotul Viorel Trifa a povestit ce ştia de la un fost gardian, angajat la una dintre închisorile la care fusese deţinut Boca. „I-au spus părintelui să le spună ceva despre Dumnezeu, ca să-i facă să creadă. Şi părintele le-a spus că la al doilea rând de porţi ale închisorii, se află două femei. Le-a descris, cu lux de amănunte, ce avea fiecare în desagă. Cei doi gardieni au fugit şi le-au scotocit femeilor în saci. La întoarcere, au reclamat la conducerea închisorii că printre deţinuţi se află un părinte care vede prin ziduri."
Primul mare semn dumnezeisc s-a arătat insa chiar după prima arestare a sa. Se spune că, într-o noapte, monahul a fost scos din celula unde se afla, în arestul Securităţii de la Haţeg, de doi miliţieni brutali. Cei doi l-au luat de subsuori, pe sus, în timp ce îl insultau şi îl batjocoreau. Părintele i-a iertat, dar mâna dreaptă a unuia şi mâna stangă a celuilalt, adică exact cele care l-au atins, s-au uscat în scurt timp. Miliţienii au rămas infirmi pe viaţă. Mulţi credeau că minunile părintelui Arsenie Boca se săvârşeau prin foc, iar cine îl atingea cu duşmănie, era ars de para focului Dumnezeiesc.
